一些箱式變電站的基礎留有施工用孔洞，施工完成后沒能封堵，或封堵不嚴，或封堵設施損壞后異物進入通道，對箱式變電站造成危害。有些箱式變電站斷路器間隔內的操作、維護站板下留有進入基礎下部空間的活動開門，可以通過此處進行施工，這樣箱式變電站基礎上就不用預留施工孔洞，從而減少了不必要的隱患。一些箱式變電站的基礎過高，進行相應的操作時很不方便，同時也不安全。一些箱式變電站的箱門向著道路開門，人員進出時不安全，所以箱式變電站門不宜向道路開門。基礎較高的箱式變電站應加裝相應的活動站臺的懸掛環，并加裝安全帶的掛環，并配置活動站臺，以便進行箱式變電站的維護和操作。

散熱問題是現有存在的主要問題之一，與之相關的問題還有通風和防塵問題，3個問題互相影響和制約。溫升是太陽輻射熱經箱體傳人箱內及箱內變壓器、補償電容器等發熱引起的。箱體內溫升過高會影響高低壓設備和元器件的正常運行，而要降低溫度。就要加強通風進行散熱，這又會引起安全防護和防塵的問題。我國大部分地區，夏季比較炎熱，氣溫較高，由于箱式站結構緊湊，變壓器內體積小，導致變壓器溫度很高，再加之變壓器在運行過程中要產生大量的熱量，此時通過自然通風散熱已經很難滿足要求了，有時室內溫度甚至超過50℃，嚴重增加了運行設備的損耗和故障率。如果打開箱門進行散熱，灰塵、污穢就容易進入，還要派專人看守，確保安全。

總之，箱式變電站在我國經濟高速發展的今天得到了越來越廣泛的應用，但由于引入應用時間較短，發展較快也存在著一些問題和不足，從設計、安裝等方面不斷查找不足、完善提高，將會使箱式變電站得到更好地應用，為電力行業的發展作出貢獻。