裝有油浸變壓器的箱式變電站的基礎下的空間部分沒能分隔，出現變壓器火災事故時變壓器油漏進該空間引起箱式變電站著火，造成較大的損失。變壓器安裝間隔下空間應單獨隔離起來，做成貯油池，一旦出現泄油故障由導油管導入貯油池，以防事故擴大。同時嚴禁高低壓電纜從貯油池通過，這樣可有效防止火災危害其它設備。箱式變電站的電纜孔洞較大，不能有效防止潮濕和異物進入，要求進出箱式變電站箱體的電纜應穿管，電纜管應進行封堵。同時對電纜按要求盤好放在下部空間內。進入箱式變電站基礎的電纜入口也要做好封堵，特別是電纜溝敷設的電纜，電纜進入箱式變電站基礎的入口還應注意防水，應在電纜溝上沿引入箱式變電站基礎。

一些的基礎留有施工用孔洞，施工完成后沒能封堵，或封堵不嚴，或封堵設施損壞后異物進入通道，對箱式變電站造成危害。有些箱式變電站斷路器間隔內的操作、維護站板下留有進入基礎下部空間的活動開門，可以通過此處進行施工，這樣箱式變電站基礎上就不用預留施工孔洞，從而減少了不必要的隱患。一些箱式變電站的基礎過高，進行相應的操作時很不方便，同時也不安全。一些箱式變電站的箱門向著道路開門，人員進出時不安全，所以箱式變電站門不宜向道路開門。基礎較高的箱式變電站應加裝相應的活動站臺的懸掛環，并加裝安全帶的掛環，并配置活動站臺，以便進行箱式變電站的維護和操作。

散熱問題是現有箱式變電站存在的主要問題之一，與之相關的問題還有通風和防塵問題，3個問題互相影響和制約。溫升是太陽輻射熱經箱體傳人箱內及箱內變壓器、補償電容器等發熱引起的。箱體內溫升過高會影響高低壓設備和元器件的正常運行，而要降低溫度。就要加強通風進行散熱，這又會引起安全防護和防塵的問題。